YouTube
Instagram
Facebook
×
Šumarski odsjek

Modeli rasprostranjenosti vrsta

Opterećenje: 15+15+0
Sadržaj predmeta: Predavanja (po 1 h): 1. Koncept i teorija ekoloških niša 2. Od ekološke niše do rasprostranjenosti vrsta 3. Osnovni principi i koraci u modeliranju rasprostranjenosti vrsta 4. Pretpostavke modela rasprostranjenosti vrsta 5. Ulazni podaci – podaci o rasprostranjenosti vrsta (izvori, filtriranje, podaci o prisutnosti i odsutnosti vrsta) 6. Ulazni podaci – Okolišne varijable (izvori, odabir, rezolucija, extent) 7. Metode Modeliranja rasprostranjenosti vrsta 8. Kalibracija modela (parametri) 9. Evaluacija modela (greške, pouzdanost) 10. Projekcije modela u prostoru i vremenu (ekstrapolacije) 11. Primjena modela – otkrivanje novih populacija i vrsta, invazivne vrste (primjeri) 12. Primjena modela – konzervacijske mjere (primjeri dizajn zaštićenih područja, translokacije i reitrodukcije) 13. Primjena modela – klimatske promjene (primjeri promjene areala vrsta u budućnosti) 14. Procjena nesigurnosti modela 15. Prezentacije seminarskih radova Kroz vježbe studenti će proći sve korake potrebne za samostalnu izradu jednostavnog modela rasprostranjenosti vrsta pomoću Metode maksimalne entropije (Maxent) od prikupljanja i pripreme potrebnih ulaznih podataka, preko parametara i evaluacije modela do projekcija modela i njihove interpretacije. Maxent je jedna od najučestalije korištenih metoda za modeliranje rasprostranjenosti vrsta. Vježbe (po 2 blok sata): 1. Priprema ulaznih podataka za izradu modela- Izvori i Prikupljanje podataka o rasprostranjenosti vrsta (skinuti podatke iz online baza FCD i/ili GBIF, pregledati, provjeriti i po potrebi filtrirati tocke, izraditi .shp sloj) 2. Priprema ulaznih podataka – klimatske varijable (WorldClim baza) – pripremiti klimatske varijable na zadani extent 3. Pripremiti ulaznu datoteku za izradu modela - Pridružiti vrijednosti klimatskih varijabli svakoj tocki rasprostranjenosti vrste 4. Uvod u Maxent – Izraditi model rasprostranjenosti vrste pomoću metode maksimalne entropije (Maxent) - instalacija, postavke i pokretanje programa s ulaznim podacima 5. Maxent – pregled i interpretacija rezultata, evaluacija modela, doprinos prediktora 6. Uređivanje rezultata – model projicirati u geografski prostor, Izrada karata potencijalne rasprostranjenosti vrsta 7. Projekcija modela u budućnost koristeći scenarije klimatskih promjena, Izrada karata potencijalne buduće rasprostranjenosti vrsta
Literatura:

Obvezna literatura (dostupna u knjižnici i/ili na drugi način):

 

1. Guisan, A., Thuiller, W. Zimmermann, N.E. (2017) Habitat suitability and distribution models: with applications in R. Cambridge University Press.

2. Zurell, D., Franklin, J., König, C., Bouchet, P.J., Dormann, C.F., Elith, J., Fandos, G., Feng, X., Guillera‐Arroita, G., Guisan, A. and Lahoz‐Monfort, J.J. (2020) A standard protocol for reporting species distribution models. Ecography.

3. Elith, J., Phillips, S.J., Hastie, T., Dudík, M., Chee, Y.E. and Yates, C.J. (2011) A statistical explanation of MaxEnt for ecologists. Diversity and distributions, 17(1), pp.43-57.

4. Phillips, S.J., Anderson, R.P. and Schapire, R.E. (2006) Maximum entropy modeling of species geographic distributions. Ecological modelling, 190(3-4), pp.231-259.

 

 Dopunska literatura:

 

Hijmans, R.J. and Elith, J (2019) Spatial Distribution Models. DOI, 10, pp.b978-008045405.

Radosavljevic, A. and Anderson, R.P. (2014) Making better Maxent models of species distributions: complexity, overfitting and evaluation. Journal of biogeography, 41(4), pp.629-643.

Merow, C., Smith, M.J. and Silander Jr, J.A. (2013) A practical guide to MaxEnt for modeling species’ distributions: what it does, and why inputs and settings matter. Ecography, 36(10), pp.1058-1069.

Elith, J. and Leathwick, J.R. (2009) Species distribution models: ecological explanation and prediction across space and time. Annual review of ecology, evolution, and systematics, 40, pp.677-697.

Phillips, S.J. and Dudík, M. (2008) Modeling of species distributions with Maxent: new extensions and a comprehensive evaluation. Ecography, 31(2), pp.161-175.

Araujo, M.B. and Guisan, A. (2006) Five (or so) challenges for species distribution modelling. Journal of biogeography, 33(10), pp.1677-1688.

Elith, J., H. Graham*, C., P. Anderson, R., Dudík, M., Ferrier, S., Guisan, A., J. Hijmans, R., Huettmann, F., R. Leathwick, J., Lehmann, A. and Li, J. (2006) Novel methods improve prediction of species’ distributions from occurrence data. Ecography, 29(2), pp.129-151.

Phillips, S.J., Dudík, M. and Schapire, R.E. (2004) A maximum entropy approach to species distribution modeling. In Proceedings of the twenty-first international conference on Machine learning (p. 83).

Guisan, A. and Zimmermann, N.E. (2000) Predictive habitat distribution models in ecology. Ecological modelling, 135(2-3), pp.147-186.

https://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/


Nositelji

Martina Temunović
izv. prof. dr. sc. Martina Temunović

Izvanredna profesorica

Email: mtemunovic@sumfak.unizg.hr
više
Aktualno

Poslijediplomski doktorski studij šumarstva i drvne tehnologije